Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил проект застройки зеленой зоны на набережной в Юбилейном микрорайоне, согласно которому будет возведён храм. Для этого потребовалось изменить генеральный план города, что произошло на фоне протестов со стороны граждан. Копия документа была опубликована городской активисткой Яной Антоновой, в которой указано размещение собора Пресвятой Богородицы в пределах зеленой зоны. Ранее эта территория считалась рекреационной и предназначалась для парков и скверов. Первые разговоры о строительстве храма начались в 2021 году, но тогда жители выступили против, ссылаясь на генплан. В августе 2024 года участок набережной был выделен под храм, о чем заявил губернатор Вениамин Кондратьев. Однако местные жители активно протестовали, отправляя обращения к президенту и требуя остановить строительство. Власти не согласовали митинги против застройки и продолжали оказывать давление на активистов. В итоге новый генплан был принят большинством голосов в городской думе.
